Biodiversité
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Biodiversité
Revue de presse et du net par le Pôle de partage des connaissances S&T de l'Office français de la biodiversité
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Catalogue Inventaire des Données de Recherche en Environnement et Sociétés

Catalogue Inventaire des Données de Recherche en Environnement et Sociétés | Biodiversité | Scoop.it

La dernière version du catalogue cat.InDoRES a permis la mutualisation des référentiels utilisés par les Zones Ateliers et les Observatoires Hommes-Milieux et offre surtout un catalogue unique, avec des entrées spécifiques à chacun des réseaux. Elle regroupe aujourd’hui plus de 2 500 fiches de métadonnées, faisant gagner en visibilité les projets portés dans le domaine de l’écologie.

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Entretien avec Cécile Callou, directrice de l’unité d’appui et de recherche « Bases de données sur la biodiversité, l’écologie, l’environnement et sociétés » (BBEES – CNRS/MNHN) et Amandine Hénon

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Les sciences participatives à la rescousse des cours d’eau qui s’assèchent - INRAE

Les sciences participatives à la rescousse des cours d’eau qui s’assèchent - INRAE | Biodiversité | Scoop.it
COMMUNIQUE DE PRESSE - L’application de sciences participatives DRYRivERS montre déjà des premiers résultats ! Déployée à l’échelle internationale en 2022, elle enregistre en 1 an plus de 4000 contributions. Un ensemble de données en open-source, accessibles à tous via un simple site web. Un démarrage encourageant pour la préservation et la gestion de nos rivières, à l’échelle du globe.
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Site Web de DRYvER https://www.dryver.eu/app

via @INRAE_Lyon_Gre et @DRYvER_H2020

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La France devient le 2e pays contributeur du système mondial d’information sur la biodiversité

La France devient le 2e pays contributeur du système mondial d’information sur la biodiversité | Biodiversité | Scoop.it
Actualité INPN - Inventaires d'espèces -

Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility, ou Système mondial d'information sur la biodiversité) est un réseau international dont le but est de mettre à disposition le maximum de données primaires sur la biodiversité via le portail www.gbif.org, de façon libre et gratuite.L’INPN (plateforme nationale du Système d’information de l’inventaire du patrimoine naturel (SINP) contribue au GBIF depuis plusieurs années, en partageant au niveau international les données d’occurrences d’espèces rassemblées par les producteurs de données français sur le territoire national, métropole et outre-mer inclus.

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Voir aussi OpenObs

Consulter @GBIF @gbiffrance et http://www.gbif.fr/

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Big-data approaches lead to an increased understanding of the ecology of animal movement

Big-data approaches lead to an increased understanding of the ecology of animal movement | Biodiversité | Scoop.it

So-called “big-data” approaches have revolutionized fields of research from astronomy to genetics. Such approaches are not limited to fields that seem inherently technical, because the combination of rapid data collection and advanced analytical techniques could be applied to almost any scientific question. Nathan et al. reviewed how these modern approaches are being applied to the very old field of animal tracking and monitoring. Large-scale data collection can reveal details about how animals use their environment and interact with each other that were impossible to explore previously.

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Science • 18 Feb 2022 • Vol 375, Issue 6582DOI: 10.1126/science.abg1780
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Le partage des données vu par les chercheurs : une approche par la valeur - Les Enjeux de l'information et de la communication

Le partage des données vu par les chercheurs : une approche par la valeur - Les Enjeux de l'information et de la communication | Biodiversité | Scoop.it

Le propos de cet article porte sur la compréhension des logiques qui interviennent dans la définition de la valeur des données de la recherche, celles-ci pouvant avoir une influence sur les critères déterminant leur motivation au partage.


Via Service documentaire Observatoire Midi Pyrénées
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Auteur : Rebouillat Violaine, Les Enjeux de l’Information et de la Communication, n°22/1, 2021, p.35 à 53, consulté le mardi 20 juillet 2021.

Voir aussi, via @Service documentaire Observatoire Midi Pyrénées : l'article Ouvrir la Science - Recherche Data Gouv : plateforme nationale fédérée des données de la recherche

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Open data: l’IGN libère ses données - ZDNet

Open data: l’IGN libère ses données - ZDNet | Biodiversité | Scoop.it
L’Institut national de l’information géographique et forestière (IGN) diffusera ses données sous licence libre à partir de janvier 2021.
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Communiqué de presse de l'IGN : https://www.ign.fr/sites/default/files/2020-12/cp_gratuite_donnees_2020.pdf

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Citizen science and citizen engagement - Publications Office of the EU

Citizen science and citizen engagement - Publications Office of the EU | Biodiversité | Scoop.it
Inclusiveness on all levels underpins SwafS. We need science education for all, gender equality in our organisations, ethics and integrity embedded in research, communication we can trust, open science and ultimately place citizens at the core to ensure excellent Research and Innovation to tackle the challenges of today for a better future. Europe can only thrive by matching the immense potential of science with the values, needs, and aspirations of society. Horizon Europe must strengthen efforts to tap into the vast potential citizens have to offer and ensure effective cooperation between science and society. This document reports on the Horizon 2020 Science with and for Society (SwafS), citizen science and citizen engagement project portfolio results.
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Publié: 2020-07-21 par la Direction générale de la recherche et de l'innovation (Commission européenne)

Auteurs : Delaney, NiamhTornasi, ZenoWarin, Colombe

https://ec.europa.eu/info/sites/info/files/research_and_innovation/research_by_area/documents/ec_rtd_swafs_report-citizen_science.pdf

 

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Le Parc national des Écrins déconfine ses données de biodiversité

Le Parc national des Écrins déconfine ses données de biodiversité | Biodiversité | Scoop.it
La connaissance est un bien commun qui se partage. Ce pourrait être l'adage du pôle "système d'informations" du Parc national qui, depuis plusieurs années, organise son travail pour favoriser cette diffusion auprès du plus grand nombre, notamment en utilisant des outils "libres". Après avoir modernisé ses outils et bases de données de faune et de flore en développant l'outil libre (opensource) GeoNature, le Parc national des Ecrins diffuse ses observations de biodiversité sur le portail Biodiv'Ecrins depuis 2016.
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A consulter :

GeoNature Biodiv'Ecrins

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La forêt tropicale de Bornéo sur écoute 24 heures sur 24

La forêt tropicale de Bornéo sur écoute 24 heures sur 24 | Biodiversité | Scoop.it
Un système de surveillance, le SAFE Project, analyse en continu les sons de la forêt tropicale à l’aide d’un algorithme.

Avec de premiers résultats. « L’analyse des sons enregistrés permet de quantifier les évolutions dans le temps de la qualité des habitats », explique le scientifique, Sarab Sethi.

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L'article du Monde est réservé aux abonnés dans sa version complète.

Pour en savoir plus : https://www.safeproject.net/

Téléchargez par exemple cette thèse Shiarella_2018_MSc_Thesis_-_gibbon_acoustic_detection.pdf

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StoX: An open source software for marine survey analyses - Johnsen 2019 - Methods in Ecology and Evolution

StoX: An open source software for marine survey analyses - Johnsen 2019 - Methods in Ecology and Evolution | Biodiversité | Scoop.it

Scientists across the globe conduct survey programs to monitor and characterize abundance, population structure, biodiversity and geographical distributions. To assess the state of marine fish and zooplankton, population surveys are often repeated annually using standardized sampling protocols and analysis techniques to establish trustworthy stock status. However, although transparency and repeatability are recognised as important principles of this process, it is often difficult to obtain comprehensive documentation of metadata and data processing steps. This is particularly challenging for workflows that include manual processing steps.

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Sciences citoyennes : des promesses pas (encore) tout à fait réalisées

Sciences citoyennes : des promesses pas (encore) tout à fait réalisées | Biodiversité | Scoop.it
Mélanger citoyens et scientifiques pour mener à bien des projets scientifiques, comment ça marche ? Qui y trouve le plus d’avantages ?
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Par Bastien Castagneyrol , Chercheur en écologie, Inra

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Flotrop, une contribution massive aux données botaniques d’Afrique tropicale - CIRAD

Flotrop, une contribution massive aux données botaniques d’Afrique tropicale - CIRAD | Biodiversité | Scoop.it

Flotrop, une contribution massive aux données botaniques d’Afrique tropicale : Le Cirad vient de partager des données botaniques historiques du nord de l’Afrique tropicale grâce à la parution d’un data paper publié dans Nature Scientific Data.
En couvrant une période allant de 1920 à 2012, ces données constituent un outil puissant et unique pour comprendre la crise de la biodiversité et les impacts du changement climatique sur la flore sahélienne.


Via Agrodoc Ouest
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Article paru dans Scientific Data volume 6, Article number: 118 (2019) https://www.nature.com/articles/s41597-019-0120-8

L'un des auteurs à suivre sur Twitter @s_taugourdeau

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Water-Related Ecosystems - SDG 6.6.1

Water-Related Ecosystems - SDG 6.6.1 | Biodiversité | Scoop.it
Sustainable Development Goal Target 6.6 seeks to halt the degradation and destruction of water-related ecosystems, and to assist the recovery of those already degraded. The target includes water-related ecosystems such as vegetated wetlands, rivers, lakes, reservoirs and groundwater, as well as those occurring in mountains and forests, which play a special role in storing freshwater and maintaining water quality.
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via Compte certifié @UN_Water

 

@UNEnvironment, @Google, @EU_Commission and partners aim to “leave no one behind” on #WorldWaterDay, launching a groundbreaking data platform to track the world’s water bodies — and countries’ progress in achieving the #SDGs

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Ensemble pour une donnée géographique sur l'eau ouverte et interopérable - Sandre - Portail national d'accès aux référentiels sur l'eau

Ensemble pour une donnée géographique sur l'eau ouverte et interopérable - Sandre - Portail national d'accès aux référentiels sur l'eau | Biodiversité | Scoop.it
Ce document illustre les données géographiques de référence diffusées par le SANDRE par des cartes, des chiffres clés ou encore des applications métiers faites par les partenaires du Système d'Information * sur l'Eau.
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Atlas_referentiels_geographiques_Sandre_2022.pdf

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Indicators of Global Climate Change 2022: annual update of large-scale indicators of the state of the climate system and human influence

Indicators of Global Climate Change 2022: annual update of large-scale indicators of the state of the climate system and human influence | Biodiversité | Scoop.it

Abstract. Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC) assessments are
the trusted source of scientific evidence for climate negotiations taking
place under the United Nations Framework Convention on Climate Change (UNFCCC), including the first global stocktake under the Paris Agreement that will conclude at COP28 in December 2023. Evidence-based decision-making needs to be informed by up-to-date and timely information on key indicators of the state of the climate system and of the human influence on the global climate system.

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via @valmasdel "Où en sommes-nous vis-à-vis de l’influence humaine sur le climat planétaire ? Disposer d’éléments factuels, fiables, et régulièrement réactualisés est important pour éclairer l’action pour le climat" Earth System Science Data  Volume 15, issue  6  2295–2327, 2023 https://doi.org/10.5194/essd-15-2295-2023 via @ESSD_journal

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Science ouverte: 10 millions de données acquises par l’ sur le milieu marin rendues publiques

Science ouverte: 10 millions de données acquises par l’ sur le milieu marin rendues publiques | Biodiversité | Scoop.it
Chaque jour, l’Ifremer et ses partenaires* collectent, analysent, utilisent et partagent des milliers de données sur les milieux marins et leur santé. Ces données sont aujourd’hui disponibles via le système d’information optimisé Surval accessible depuis le site internet data.gouv.fr. L’ouverture de ces données à la société répond aux engagements de l’Ifremer en tant que signataire de la Charte d’ouverture à la société et s’inscrit dans le cadre du deuxième Plan national pour la science ouverte.
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Accès aux données d'environnement marin et littoral https://wwz.ifremer.fr/surval/

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Kakila database: Towards a FAIR community approved database of cetacean presence in the waters of the Guadeloupe Archipelago, based on citizen science

Kakila database: Towards a FAIR community approved database of cetacean presence in the waters of the Guadeloupe Archipelago, based on citizen science | Biodiversité | Scoop.it

In the French West Indies, more than 20 species of cetaceans have been observed over the last decades. The recognition of this hot spot of biodiversity of marine mammals observed in the French Exclusive Economic Zone of the West Indies motivated the French government to create in 2010 a marine protected area (MPA) dedicated to the conservation of marine mammals: the Agoa sanctuary. Threats that cetacean populations face are multiple but well-documented. Cetacean conservation can only be achieved if relevant and reliable data are available, starting by occurrence data. 

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Lire toutes les explications de l'in des auteurs :  @MegaFaunMar_DNA "Notre travail sur le recensement des observations de cétacés au large de la Guadeloupe vient d'être publié en libre accès dans Biodiversity Data Journal"

Coché L, Arnaud E, Bouveret L, David R, Foulquier E, Gandilhon N, Jeannesson E, Le Bras Y, Lerigoleur E, Lopez PJ, Madon B, Sananikone J, Sèbe M, Le Berre I, Jung J-L (2021) Kakila database: Towards a FAIR community approved database of cetacean presence in the waters of the Guadeloupe Archipelago, based on citizen science. Biodiversity Data Journal 9: e69022. https://doi.org/10.3897/BDJ.9.e69022

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Parution d'une nouvelle description topographique du réseau hydrographique de métropole : la BD TOPAGE®

Parution d'une nouvelle description topographique du réseau hydrographique de métropole : la BD TOPAGE® | Biodiversité | Scoop.it

L'eau est un enjeu et la préservation de ses milieux est essentielle. Pour mieux connaître et protéger l'hydrographie terrestre (rivières et écoulements, plans d'eau...) l'IGN et l'OFB se sont associés afin de constituer un référentiel hydrographique de métropole unique, la base de données TOPAGE®, dont la première édition est parue et diffusée sur le site du Service d'administration nationale des données et référentiels sur l'eau sous licence ouverte de réutilisation Etalab.

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La carte du Morbihan - Conservatoire botanique national de Brest

La carte du Morbihan - Conservatoire botanique national de Brest | Biodiversité | Scoop.it

La carte des grands types de végétation du Morbihan est en accès libre depuis décembre 2020. 684 396 hectares ont été cartographiés.

Quelle analyse peut-on faire du territoire ? Le paysage du Morbihan est fortement impacté par l’activité humaine, notamment au nord-est. Les milieux artificialisés (cultures, vergers, cultures, parcs et jardins, bâti, routes) représentent 53% du territoire dont 43% dédiés aux cultures agricoles.

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On en parle déjà dans la presse ! "La Bretagne a désormais sa carte complète de ses grands types de végétation" https://www.francebleu.fr/infos/environnement/la-bretagne-a-desormais-sa-carte-complete-de-ses-grands-types-de-vegetation-1607611088

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Diffusion de la 1ère version de la BD TOPAGE® métropole | Sandre - Portail national d'accès aux référentiels sur l'eau

Diffusion de la 1ère version de la BD TOPAGE® métropole | Sandre - Portail national d'accès aux référentiels sur l'eau | Biodiversité | Scoop.it

La BD TOPAGE® se compose des jeux de données * des cours d'eau, plans d'eau, tronçons hydrographiques, surfaces élémentaires, noeuds hydrographiques (sources et exutoires), limites terre-mer, bassins hydrographiques et bassins versants topographiques (ces trois derniers jeux de données * seront remplacés par des données plus précises à moyen terme). La première version de la BD TOPAGE® métropole est désormais disponible sur l'atlas-catalogue du Sandre.

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Olivier Gimenez on Twitter: "Avec des collègues de @INRAE_France, @Supagro, #CERPAM et @OFBiodiversite, nous proposons une analyse descriptive du phénomène de concentration d’attaques de loup su...

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 Analyse de la base de données nationale Géoloup en prélude à un article à publier dans une revue scientifique - 3 avril 2020 Olivier Gimenez, Olivier Bonnet, Laurent Garde,Charles-Henri Moulin, Marie-Odile Nozières-Petit, Christophe Duchamp, Michel Meuret.

Le site web pour toutes les infos et actualités

https://www.loupfrance.fr

 

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Processing citizen science- and machine-annotated time-lapse imagery for biologically meaningful metrics

Processing citizen science- and machine-annotated time-lapse imagery for biologically meaningful metrics | Biodiversité | Scoop.it

Time-lapse cameras facilitate remote and high-resolution monitoring of wild animal and plant communities, but the image data produced require further processing to be useful. Here we publish pipelines to process raw time-lapse imagery, resulting in count data (number of penguins per image) and ‘nearest neighbour distance’ measurements. The latter provide useful summaries of colony spatial structure (which can indicate phenological stage) and can be used to detect movement – metrics which could be valuable for a number of different monitoring scenarios, including image capture during aerial surveys. We present two alternative pathways for producing counts: (1) via the Zooniverse citizen science project Penguin Watch and (2) via a computer vision algorithm (Pengbot), and share a comparison of citizen science-, machine learning-, and expert- derived counts.

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Un papier qui parle données, comptage par piège photographique, projet de science participative concernant des pingouins, technique et matériel, transfert de l'expérience dans d'autres scenarios de suivi et inventaire !

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Open Science Fair Conference

Open Science Fair Conference | Biodiversité | Scoop.it

Open Science is a new research paradigm facing many challenges, mainly the ingrained research habits accompanied by non-incentive institutional and funder reward systems, the lack of embedded tools and services, the connection to non-academic communities.

Open science, open access, open data, publishing models, cloud, infrastructure, conference. #OSFAIR2019

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Des paroles et des actes : de nombreux scientifiques partagent leurs exposés, posters liés à cette manifestation. Voyez l'intervention très relayée sur Twitter à l'ouverture de la Conférence

OPEN SCIENCE: A SHIFT IN THE CONVERSATION par

@pcmasuzzo 

https://docs.google.com/presentation/d/1XyvvdFyZK6aIqP-uFjl1fyOKBqXSmHNeSytjFeVXh-I/edit#slide=id.g35f391192_00

Voir aussi le poster "Identifying, naming and interoperating data in a Phenotyping platform network : the good, the bad and the ugly." proposé par @Romain_DAVID_13

https://zenodo.org/record/3402948#.XX-UzcSrfIV

 

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Portail open data de l'ADEME

Portail open data de l'ADEME | Biodiversité | Scoop.it

Pour répondre aux obligations réglementaires (Loi pour une République numérique) mais également pour accompagner la Transition énergétique et écologique, l’Agence a décidé de mettre à disposition des entreprises, des collectivités locales, des pouvoirs publics et du grand public, ses données afin de leur permettre de progresser dans leur démarche environnementale.

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Outre les questions du champ d'action strict de l'Ademe, on trouve aussi le travail sur les Représentations sociales du changement climatique : 19 ème vague Focus dirigeants d'entreprises de plus de 50 salariés, mise à jour juillet 2019.

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HERIT-DATA : Innovative solutions to better manage tourism flows impact on cultural and natural heritage sites through technologies and big data

HERIT-DATA : Innovative solutions to better manage tourism flows impact on cultural and natural heritage sites through technologies and big data | Biodiversité | Scoop.it

HERIT-DATA aims to identify innovative solutions, with the support of new technologies and big data, to reduce the negative impacts of tourism on cultural and natural heritage sites.

The project will be implemented in five pilot sites in Croatia, France, Greece, Italy and Spain.

Historic city centers, areas invested by cruise tourism, sites classified by UNESCO... Specific data will be collected in the pilot sites and analyzed through a dedicated platform.

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Un projet qui mobilise les technologies, utilise la donnée pour gérer l'impact du tourisme de masse dans les espaces naturels et patrimoniaux.

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