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Nous avons constaté qu'en dépit du cadre mis en place pour protéger le milieu marin, les actions de l'UE n'avaient pas permis de rétablir le bon état écologique des mers, ni d'y ramener partout la pêche à des niveaux durables: ce constat recoupe celui dressé par l'Agence européenne pour l'environnement dans un rapport publié alors que nous achevions nos travaux d'audit, selon lequel la biodiversité marine reste menacée dans les mers européennes. De nombreuses évaluations des espèces et des habitats marins continuent de révéler un état de conservation «défavorable», voire «inconnu». Si nous avons pu établir que l'action de l'UE avait abouti à des progrès sensibles dans l'Atlantique, la Méditerranée est quant à elle restée largement surexploitée; par ailleurs, seule une petite partie du Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche a été utilisée pour financer la conservation du milieu marin.
"Les règles de l'UE en matière de protection des écosystèmes et des habitats essentiels ne leur ont pas permis de se régénérer. Le réseau de zones marines protégées n'est pas représentatif de la diversité des mers de l'UE et n'offre parfois qu'une maigre protection. Dans la pratique, les dispositions visant à coordonner la politique de la pêche avec la politique environnementale n'ont pas fonctionné comme prévu, et les espèces et habitats protégés par les directives «Oiseaux» et«Habitats» l'ont été sur la base d'évaluations obsolètes des menaces..."