Biodiversité

Parmi les techniques de suivi de la biodiversité, on retrouve une technique de pointe : celle de l’analyse de l’ADN environnemental. Quelles sont les informations que peut nous apporter ce matériel génétique relâché par les organismes dans leur environnement ?

L’ADN environnemental est une sorte d’empreinte que l’on laisse derrière soi, dans le sol, l’eau ou encore l’air et qui permet de suivre l’état de la biodiversité. Une nouvelle étude dévoile une méthode innovante pour capter ces ADNe : les piéger dans les toiles d’araignées.

There is an urgent need to evaluate the effects of anthropogenic pressures and climatic change on fish populations’ dynamics. When monitored in lakes, fish spawning is generally assessed using traditional, mostly destructive or damaging, methods as gillnetting and collection of fertilized eggs. Over the last decade, environmental DNA (eDNA) based methods have been widely developed and now offer a non-invasive alternative method to these traditional biomonitoring tools.

Since 1986, this conference has been an important forum for the exchange of information between statisticians and biologists on analytical techniques and their applications. The focus is usually on the development, understanding and integration of statistical methods for estimation and inference on animal population dynamics and demography, with data on marked individuals (via ringing/banding, DNA sequencing, GPS tags, etc).

Lettre d'information du réseau Ours brun, L’Écho des tanières synthétise, en cours de saison, les relevés de terrain effectués par le réseau : itinéraires de prospection, suivi d’appareils photo et vidéo automatiques. Il résume aussi des faits marquants concernant le suivi de l’espèce dans les Pyrénées. Entre les mois de septembre et novembre 2022, 334 indices indirects d’ours ont été collectés, 72 séries de photos et vidéos, ainsi que 271 échantillons pour analyses ADN.

A major limitation of current reports on insect declines is the lack of standardized, long-term, and taxonomically broad time series. Here, we demonstrate the utility of environmental DNA from archived leaf material to characterize plant-associated arthropod communities. We base our work on several multi-decadal leaf time series from tree canopies in four land use types, which were sampled as part of a long-term environmental monitoring program across Germany.

In the French West Indies, more than 20 species of cetaceans have been observed over the last decades. The recognition of this hot spot of biodiversity of marine mammals observed in the French Exclusive Economic Zone of the West Indies motivated the French government to create in 2010 a marine protected area (MPA) dedicated to the conservation of marine mammals: the Agoa sanctuary. Threats that cetacean populations face are multiple but well-documented. Cetacean conservation can only be achieved if relevant and reliable data are available, starting by occurrence data. 

À l’heure où la prise en compte du Desman des Pyrénées, Galemys pyrenaicus É. Geoffroy Saint-Hilaire, 1811 dans toutes les procédures environnementales devient la norme, il convient de proposer des protocoles efficaces pour permettre le suivi de l’espèce. Outre la recherche de fèces, d’autres techniques ont été testées en France ces dernières années, parmi elles les radeaux à empreintes, l’ADN environnemental, les tunnels à crottes et enfin la capture. Celle-ci peut constituer une alternative à la détection de l’espèce, notamment sur les secteurs ou la recherche de fèces est inefficace à cause de variations hydrologiques, de la morphologie des sites ou du comportement de l’espèce, mais est aussi indispensable à certains protocoles tels que les suivis par radiopistage ou dans certains cas les CMR.

La très petite faune des récifs coralliens est peu connue mais est cependant un indicateur précieux de la biodiversité et de sa dynamique. Ma thèse s'attache à explorer cette diversité dans les Mascareignes à travers des approches de métabarcoding et de barcoding moléculaire sur des structures artificielles standardisées, les ARMS (Autonomous Reef Monitoring Structures). Pour le métabarcoding, les biais d'amplification, de séquençage, mais également les méthodes d'assemblage, de clustering, et d'assignation montrent une très importante influence sur les résultats. Très peu de séquences sont finalement assignées, et la spécificité de la faune marine à La Réunion et Rodrigues nécessite la mise en place d'un référentiel barcode pour une meilleure interprétation des résultats du métabarcoding.

À l’heure où la biodiversité des milieux aquatiques est en danger, il est plus que nécessaire de caractériser l’état écologique de ces écosystèmes, en vue de leur préservation et de de leur restauration.   Cette évaluation est d’ailleurs imposée par …

Parce qu’il est impossible de compter rigoureusement le nombre d’espèces ou d’individus d’insectes d’un jardin par exemple ou de poissons d’une crique, les scientifiques qui étudient la biodiversit…

Avec 83 individus détectés au minimum en 2023, l'effectif de la population d'Ours brun continue progressivement d'augmenter dans les Pyrénées. C'est l'un des résultats présentés dans le rapport annuel 2023 du suivi de l'espèce dans les Pyrénées françaises, réalisé par le réseau Ours brun.

Le plus grand évènement de dispersion d’un loup mâle (GW1909m) documenté en Europe grâce au réseau international de suivi de l’espèce et à la collaboration scientifique autour des analyses génétiques en Europe de l’Ouest. Les populations de loup s’étendent actuellement en Europe notamment en raison d’une protection juridique stricte depuis la fin des années 70.

Face aux changements globaux actuels, l’enjeu des suivis de la dynamique de la biodiversité est croissant et entraîne une forte demande d’évaluations rapides et détaillées des changements de biodiversité. L’identification moléculaire des espèces est de plus en plus utilisée pour remplacer ou compléter les méthodes de surveillance écologique plus classiques. Le metabarcoding est considéré comme un outil d’inventaire, de connaissance de la biologie (prédateurs proies, pollinisateurs, etc.) et même de la découverte de l’histoire d’écosystèmes. Il permet de générer des données sur la biodiversité de manière rapide, précise et fiable, sur un large éventail d’organismes.

La malacologie est l’étude des mollusques. Considérée comme difficile voire inaccessible même par des naturalistes confirmés, cette discipline est un des domaines d’expertise de la direction régionale Grand Est de l’Office français de la biodiversité, notamment sur les grands bivalves appelés naïades.

La Blennie fluviatile (Ichthyocoris fluviatilis) est une espèce protégée, traditionnellement présente sur les cours d’eau méditerranéens ainsi que dans le Rhône.

Alors qu’en 2015, ce poisson d’eau douce était encore absent des cours d’eau de Bourgogne-Franche-Comté, il a été repéré pour la première fois par des pêcheurs en 2018 dans la Saône. Depuis, sa présence a été confirmée par des pêches électriques réalisées par le bureau d’études AQUABIO pour le compte de l’Office français de la biodiversité et des traces d’ADN de l’espèce ont également été retrouvées jusqu’en Côte d’Or.

Observer les espèces, noter leurs habitudes, puis analyser et diffuser les données pour mieux les protéger, telles sont les indispensables missions de l'inventaire du monde du vivant.

S'intéresser à la data dans le champ de la biodiversité, c'est découvrir tout un réseau de passionnés, de naturalistes, d'experts... mais aussi de

So-called “big-data” approaches have revolutionized fields of research from astronomy to genetics. Such approaches are not limited to fields that seem inherently technical, because the combination of rapid data collection and advanced analytical techniques could be applied to almost any scientific question. Nathan et al. reviewed how these modern approaches are being applied to the very old field of animal tracking and monitoring. Large-scale data collection can reveal details about how animals use their environment and interact with each other that were impossible to explore previously.

Depuis son canoë, à l'ombre des peupliers qui bordent la Garonne à Saint-Nicolas-de-la-Balerme (Lot-et-Garonne), Vincent Prié prélève des échantillons de l'eau du fleuve. Son but : détecter la présence de la grande mulette.

Cette moule d'eau douce, dont la coquille peut atteindre la taille de la main, figure sur "La Liste rouge des espèces menacées en France - Mollusques continentaux de France métropolitaine", publiée mercredi par l'Union internationale pour la conservation de la nature.

The ongoing recovery of terrestrial large carnivores in North America and Europe is accompanied by intense controversy. On the one hand, reestablishment of large carnivores entails a recovery of their most important ecological role, predation. On the other hand, societies are struggling to relearn how to live with apex predators that kill livestock, compete for game species, and occasionally injure or kill people. Those responsible for managing these species and mitigating conflict often lack fundamental information due to a long-standing challenge in ecology: How do we draw robust population-level inferences for elusive animals spread over immense areas? Here we showcase the application of an effective tool for spatially explicit tracking and forecasting of wildlife population dynamics at scales that are relevant to management and conservation.

« La biodiversité aujourd'hui, c'est un peu plus de 2 millions d'espèces connues » et une estimation d'au moins 20 millions d'espèces existantes ! Autrement dit, il nous reste 90 % du monde vivant à découvrir. S'il ne disparaît pas avant... D'après l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), plus de 28.000 espèces sont menacées d’extinction parmi les 105.700 qui sont sur sa liste rouge, laquelle évalue les menaces pesants sur la biodiversité.