Biodiversité
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Biodiversité
Revue de presse et du net par le Pôle de partage des connaissances S&T de l'Office français de la biodiversité
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ITOFF, une nouvelle base de données mondiale de traits d’histoire de vie des poissons d’eau douce pour évaluer les relations entre espèces indigènes et espèces exotiques envahissantes

ITOFF, une nouvelle base de données mondiale de traits d’histoire de vie des poissons d’eau douce pour évaluer les relations entre espèces indigènes et espèces exotiques envahissantes | Biodiversité | Scoop.it

Depuis plusieurs décennies, la détermination des facteurs responsables du succès des invasions biologiques a été largement étudiée par la communauté scientifique à l’échelle mondiale (e.g., Pyšek et al.,2020 ; Bernery et al., 2023). Parmi ces facteurs, les traits d’histoire de vie (i.e., une caractéristique du cycle de vie d’une espèce qui a une incidence sur sa survie et sa reproduction) des espèces sont reconnus comme un facteur important de succès : par exemple, dans certaines conditions, une espèce caractérisée par son régime alimentaire carnivore aura plus de chance d’envahir avec succès un nouvel écosystème qu’une espèce végétarienne. Explorer et déterminer quels sont ces traits d’histoire de vie et en quoi ils sont différents de ceux des espèces qui ne sont pas envahissantes est une démarche importante pour tenter de prévenir de nouvelles invasions (Pyšek et al.,2020).

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La base de données : https://itoff-dataset.wp.st-andrews.ac.uk/database/

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Recenser les oiseaux, identifier les plantes : les sciences participatives font-elles vraiment avancer la recherche ?

Recenser les oiseaux, identifier les plantes : les sciences participatives font-elles vraiment avancer la recherche ? | Biodiversité | Scoop.it
Les sciences participatives invitent tout un chacun à apporter sa pierre à l'édifice de la recherche. Mais comment déterminer l'apport réel de cette pratique aux connaissances ?
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Auteurs : Bastien Castagneyrol Chercheur en écologie, Inrae et Baptiste Bedessem Chargé de recherche, Inrae

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Biodiversité : Une « cascade » d'extinctions menace les animaux et les plantes

Biodiversité : Une « cascade » d'extinctions menace les animaux et les plantes | Biodiversité | Scoop.it

Entre 6 et 10 % des animaux et des plantes pourraient disparaître d'ici à 2050, selon une étude. Cette estimation s’appuie sur de nouveaux outils de modélisation forgés par deux scientifiques européen et australien, afin de mieux prendre en compte les « co-extinctions », fruits de la disparition « en cascade » d’espèces interdépendantes.

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Suivre Corey Bradshaw, l'un des auteurs sur Twitter @conservbytes

 
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More than half of data deficient species predicted to be threatened by extinction - Communications Biology

More than half of data deficient species predicted to be threatened by extinction - Communications Biology | Biodiversité | Scoop.it

The IUCN Red List of Threatened Species is essential for practical and theoretical efforts to protect biodiversity. However, species classified as “Data Deficient” (DD) regularly mislead practitioners due to their uncertain extinction risk. Here we present machine learning-derived probabilities of being threatened by extinction for 7699 DD species, comprising 17% of the entire IUCN spatial datasets. Our predictions suggest that DD species as a group may in fact be more threatened than data-sufficient species. We found that 85% of DD amphibians are likely to be threatened by extinction, as well as more than half of DD species in many other taxonomic groups, such as mammals and reptiles.

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Borgelt, J., Dorber, M., Høiberg, M.A. et al. More than half of data deficient species predicted to be threatened by extinction. Commun Biol 5, 679 (2022). https://doi.org/10.1038/s42003-022-03638-9

via @Shoal_Org @david_tickner @CommsBio

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Big-data approaches lead to an increased understanding of the ecology of animal movement

Big-data approaches lead to an increased understanding of the ecology of animal movement | Biodiversité | Scoop.it

So-called “big-data” approaches have revolutionized fields of research from astronomy to genetics. Such approaches are not limited to fields that seem inherently technical, because the combination of rapid data collection and advanced analytical techniques could be applied to almost any scientific question. Nathan et al. reviewed how these modern approaches are being applied to the very old field of animal tracking and monitoring. Large-scale data collection can reveal details about how animals use their environment and interact with each other that were impossible to explore previously.

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Science • 18 Feb 2022 • Vol 375, Issue 6582DOI: 10.1126/science.abg1780
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Tracking species invasions with digital biodiversity data

Tracking species invasions with digital biodiversity data | Biodiversité | Scoop.it
Large online data sources are increasingly important to understand biological invasions. Emerging fields of conservation culturomics and iEcology have a great potential to inform invasion science and practice through novel insights and knowledge. In a recent publication, an international research team led by the Biology Centre of the Czech Academy of Sciences is looking at the state of the art of invasion culturomics and iEcology, and their potential applications for research and management of invasive alien species.
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Ivan Jarić et al. Invasion Culturomics and iEcology, Conservation Biology (2021). DOI: 10.1111/cobi.13707

Journal information: Conservation Biology
Suivez @IvanJaric
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Apports de la modélisation spatiale pour la gestion de la trame verte et bleue

Apports de la modélisation spatiale pour la gestion de la trame verte et bleue | Biodiversité | Scoop.it

Face à l’inefficacité des zonages classiques de protection pour enrayer la perte de biodiversité, la mise en connexion des habitats naturels pour permettre aux espèces animales et végétales de se déplacer est devenue un enjeu majeur des politiques environnementales. L’identification et la gestion des réseaux écologiques soulève néanmoins des difficultés face à la diversité des méthodes pour analyser la connectivité et le manque de données harmonisées à l’échelle d’un pays. L’objectif de cette étude est d’utiliser la théorie des graphes pour intégrer plus finement la connectivité fonctionnelle du paysage dans la modélisation des réseaux écologiques à différentes échelles spatiales.

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Céline Clauzel et Charlotte Bonnevalle, « Apports de la modélisation spatiale pour la gestion de la trame verte et bleue », Cybergeo : European Journal of Geography [En ligne], Environnement, Nature, Paysage, document 900, mis en ligne le 05 juin 2019, consulté le 05 août 2019. URL : http://journals.openedition.org/cybergeo/32333 ; DOI : 10.4000/cybergeo.32333

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How much do we know about the life history of the world's vertebrates? Dr. Dalia Conde from Species360 has an answer - Department of Zoology

We are currently experiencing an exciting moment in conservation, according to Dr. Dalia Conde, Director of Science at Species360 and Associate Professor of the University of Southern Denmark. In her seminar lecture entitled “Mapping Information Gaps: Towards an Index of Knowledge for Every Vertebrate Species”, Dr. Conde described the unique opportunity that we currently have to capitalize on machine learning technology and big data tools to create an interconnected and standardized knowledge system on the life history of the world’s biodiversity. Dr. Conde explained how, in her view, biodiversity data resembles the universe: it is ever expanding and becoming infinite thanks to mixed forms of data collection, from field based research and captive population studies, to citizen science, or genome coding. However, all the effort that we are putting into producing large quantities of data on species life histories can become futile if we are unable to transform basic data into interconnected knowledge that can be used for conservation decision making.
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Alors que le Salon Big Data vient d'ouvrir à Paris, une gestion des données, de l'Intelligence artificielle au profit de la conservation de la biodiversité est de plus en plus évoquée par les chercheurs.
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L'imageomique, un nouveau domaine scientifique qui fait appel à l'IA pour comprendre le monde vivant

L'imageomique, un nouveau domaine scientifique qui fait appel à l'IA pour comprendre le monde vivant | Biodiversité | Scoop.it

Analyser des centaines de milliers d'images d'animaux, de plantes ou de microorganismes : c'est désormais possible en un temps record grâce aux nouveaux outils...


Via Hubert MESSMER
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On using stratified two-stage sampling for large-scale multispecies surveys

On using stratified two-stage sampling for large-scale multispecies surveys | Biodiversité | Scoop.it

Abstract: Designing a large-scale multispecies survey presents significant challenges due to its multivariate, multiscale, and often multiobjective nature. Because it is impractical to measure or observe all variables of interest at every location in the survey area, spatial sampling is crucial. To ensure a statistically sound survey, free of assumptions, randomization of the selection of spatial sampling units is required. In a large-scale survey, minimizing travel costs requires multistage sampling in which nearby sampling units are grouped within higher-level sampling units.

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Philippe Aubry, Gwenaël Quaintenne, Jeremy Dupuy, Charlotte Francesiaz, Matthieu Guillemain, Alain Caizergues, Ecological Informatics,Volume 77,2023, https://doi.org/10.101/j.ecoinf.2023.102229 via @C_Francesiaz

Article en lien avec l’enquête Limat qui a pour but d’estimer les effectifs nicheurs des différentes espèces d’anatidés et de limicoles sur le territoire métropolitain https://professionnels.ofb.fr/fr/node/1336 via @GSouchay

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Des chercheurs produisent une carte mondiale de la biodiversité végétale

Des chercheurs produisent une carte mondiale de la biodiversité végétale | Biodiversité | Scoop.it

Comment les espèces de plantes sont-elles réparties sur notre planète ? Il est désormais possible de le visualiser, grâce à la création d'une "carte mondiale de la diversité végétale" par une équipe internationale, dirigée par des chercheurs de l'Université de Göttingen (Allemagne). Dans un communiqué publié le 15 novembre 2022, ils présentent en effet leurs prédictions sur l'emplacement et le nombre de spécimens à travers le globe. Une initiative qui devrait "[soutenir] les efforts de conservation, [aider] à protéger la diversité végétale et [évaluer] les changements à la lumière des crises actuelles de la biodiversité et du climat", écrivent-ils.


Via Hubert MESSMER
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Cai, L., Kreft, H., Taylor, A., Denelle, P., Schrader, J., Essl, F., van Kleunen, M., Pergl, J., Pyšek, P., Stein & al. (2022), Global models and predictions of plant diversity based on advanced machine learning techniques. New Phytol. https://doi.org/10.1111/nph.18533

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A review of the heterogeneous landscape of biodiversity databases: Opportunities and challenges for a synthesized biodiversity knowledge base

A review of the heterogeneous landscape of biodiversity databases: Opportunities and challenges for a synthesized biodiversity knowledge base | Biodiversité | Scoop.it

Addressing global environmental challenges requires access to biodiversity data across wide spatial, temporal and taxonomic scales. Availability of such data has increased exponentially recently with the proliferation of biodiversity databases. However, heterogeneous coverage, protocols, and standards have hampered integration among these databases.

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via @GEB_macro

voir Webb Thomas J.and Vanhoorne Bart 2020 Linking dimensions of data on global marine animal diversityPhil. Trans. R. Soc. B3752019044520190445http://doi.org/10.1098/rstb.2019.0445

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Qui est cette girafe ? Quand l'intelligence artificielle automatise la reconnaissance individuelle des animaux

Qui est cette girafe ? Quand l'intelligence artificielle automatise la reconnaissance individuelle des animaux | Biodiversité | Scoop.it

De nombreux suivis à long terme en écologie reposent sur notre capacité à reconnaître les animaux individuellement, souvent d'une année sur l'autre. Afin d’étudier la démographie des populations de girafes, les écologues procèdent à des "captures" photographiques au sein de la zone Atelier de Hwange du CNRS au Zimbabwe. Chaque girafe a un pelage composé d'une myriade de taches distinctes qui permet à un œil entraîné de la reconnaître... c'est ce que l'ordinateur sait désormais faire !

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Miele, V., Dussert, G., Spataro, B., Chamaillé-Jammes, S., Allainé, D., & Bonenfant, C. (2021). Revisiting giraffe photo-identification using deep learning and network analysis. Methods in Ecology and Evolution. DOI 10.1111/2041-210X.13577

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L’intelligence artificielle différencie les oiseaux d’une même espèce

L’intelligence artificielle différencie les oiseaux d’une même espèce | Biodiversité | Scoop.it

Reconnaitre individuellement les oiseaux grâce au motif de leur plumage, voilà une tâche ardue pour l’humain. Mais pas pour la machine ! Une collaboration internationale impliquant principalement des scientifiques du CNRS, de l’Université de Montpellier1et de l’Université de Porto au Portugal, vient de montrer comment des ordinateurs peuvent apprendre à différencier les individus d’une même espèce d’oiseaux. Ces résultats sont publiés le 27 juillet 2020 dans Methods in Ecology and Evolution.

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Deep learning-based methods for individual recognition in small birds, André C. Ferreira, Liliana R. Silva, Francesco Renna, Hanja B. Brandl, Julien P. Renoult, Damien R. Farinec, Rita Covas et Claire Doutrelant, Methods in Ecology and Evolution le 27 juillet 2020. DOI: 10.1111/2041-210X.13436

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Un cadre détaillé pour comprendre l’histoire évolutive des oiseaux forestiers de l’hémisphère nord - Jacques BLONDEL - Naturae 2018 (3) - Pages 27-42

Un cadre détaillé pour comprendre l’histoire évolutive des oiseaux forestiers de l’hémisphère nord - Jacques BLONDEL  - Naturae 2018 (3) - Pages 27-42 | Biodiversité | Scoop.it

Les avancées méthodologiques spectaculaires réalisées au cours des deux dernières décennies dans des domaines aussi variés que la biogéographie, la paléoécologie, la phylogénétique et la bio­informatique permettent de retracer sur de nouvelles bases l’histoire évolutive des oiseaux. En particulier, les méthodes modernes d’acquisition de données moléculaire de taxons éteints et actuels ont révolutionné la construction de l’histoire phylogénétique des lignées. Ces avancées éclairent d’un jour nouveau le tempo et le mode ainsi que le contexte spatial et temporel des processus de différenciation qui façonnèrent la composition et la structure des communautés d’oiseaux forestiers des principaux blocs forestiers de l’hémisphère nord (nord-est de l’Amérique du Nord, Europe, Asie de l’Est).

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GPS, drones, radars…au service de la vie sauvage !

GPS, drones, radars…au service de la vie sauvage ! | Biodiversité | Scoop.it

Satellites, radars, réseaux de téléphonie mobile, pièges photographiques, drones et autres technologies modernes sont désormais des outils au service des chercheurs...


Via Hubert MESSMER
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Revoir aussi, pour compléter, les interventions du Forum des TIC des Espaces Naturels du 5 Juin, 2014 - 14:15 - 16:30 
Les innovations technologiques au service des Espaces Naturels - Focus sur les drones Présentation(s): L'impact des drones pour des inventaires de colonies d'oiseaux David Gremillet - CNRS Elisabeth Vas - Cyleone Test de dérangement préliminaire au comptage d'oiseaux coloniaux nicheurs par multicoptère Olivier Scher - CEN Languedoc-Roussillon Virginie Sibert - Ecocéanodrone
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