Biodiversité

Face aux changements globaux actuels, l’enjeu des suivis de la dynamique de la biodiversité est croissant et entraîne une forte demande d’évaluations rapides et détaillées des changements de biodiversité. L’identification moléculaire des espèces est de plus en plus utilisée pour remplacer ou compléter les méthodes de surveillance écologique plus classiques. Le metabarcoding est considéré comme un outil d’inventaire, de connaissance de la biologie (prédateurs proies, pollinisateurs, etc.) et même de la découverte de l’histoire d’écosystèmes. Il permet de générer des données sur la biodiversité de manière rapide, précise et fiable, sur un large éventail d’organismes.

Abstract: Designing a large-scale multispecies survey presents significant challenges due to its multivariate, multiscale, and often multiobjective nature. Because it is impractical to measure or observe all variables of interest at every location in the survey area, spatial sampling is crucial. To ensure a statistically sound survey, free of assumptions, randomization of the selection of spatial sampling units is required. In a large-scale survey, minimizing travel costs requires multistage sampling in which nearby sampling units are grouped within higher-level sampling units.

À l’heure où la prise en compte du Desman des Pyrénées, Galemys pyrenaicus É. Geoffroy Saint-Hilaire, 1811 dans toutes les procédures environnementales devient la norme, il convient de proposer des protocoles efficaces pour permettre le suivi de l’espèce. Outre la recherche de fèces, d’autres techniques ont été testées en France ces dernières années, parmi elles les radeaux à empreintes, l’ADN environnemental, les tunnels à crottes et enfin la capture. Celle-ci peut constituer une alternative à la détection de l’espèce, notamment sur les secteurs ou la recherche de fèces est inefficace à cause de variations hydrologiques, de la morphologie des sites ou du comportement de l’espèce, mais est aussi indispensable à certains protocoles tels que les suivis par radiopistage ou dans certains cas les CMR.

Alors que le premier seuil de viabilité de l’espèce en France est sur le point d’être atteint avec une population de 500 individus, soit l’objectif fixé par le plan gouvernemental 2018/2023, la méthode de comptage fait toujours polémique chez les éleveurs ou les élus des zones concernées. Ces derniers estiment que les chiffres officiels sont sous-évalués, or ils servent de base de calcul au plafond des grands prédateurs qui pourront être tués légalement pour protéger les troupeaux, soit 10 à 12% de la population lupine recensée. Pour mieux comprendre les méthodes d’investigation employées par le réseau national loup, nous avons suivi une équipe de l’Office national de la chasse et de la faune sauvage, en Savoie, département où pas moins de neuf zones de présence permanente du loup sont localisées.

We illustrate how to build spaces of interactions between research and management. We present two case studies we conducted through a long-term collaboration between the Centre for Functional and Evolutionary Ecology (CEFE; academic/science—a public research laboratory mostly focused on basic ecological questions) and the French Biodiversity Agency (OFB; non-academic/management—a public institute dedicated to biodiversity protection and restauration, under administrative supervision of ecology and agriculture ministries) with biodiversity monitoring in national parks and management of large carnivores in France.

La pêche scientifique à l'électricité est une méthode largement utilisée pour les échantillonnages piscicoles en cours d’eau. Cet ouvrage fournit les éléments de compréhension des phénomènes électriques et de la réaction des poissons soumis à un champ électrique, et synthétise l’ensemble des paramètres à prendre en compte pour réaliser ou exploiter ce type de pêche. Il est le fruit d’une collaboration entre Inrae et l’OFB dans le cadre du pôle OFB-Inrae-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (Miame).

Time-lapse cameras facilitate remote and high-resolution monitoring of wild animal and plant communities, but the image data produced require further processing to be useful. Here we publish pipelines to process raw time-lapse imagery, resulting in count data (number of penguins per image) and ‘nearest neighbour distance’ measurements. The latter provide useful summaries of colony spatial structure (which can indicate phenological stage) and can be used to detect movement – metrics which could be valuable for a number of different monitoring scenarios, including image capture during aerial surveys. We present two alternative pathways for producing counts: (1) via the Zooniverse citizen science project Penguin Watch and (2) via a computer vision algorithm (Pengbot), and share a comparison of citizen science-, machine learning-, and expert- derived counts.