Réduction des moyens budgétaires de l'Etat, régions devenues autorités de gestion des fonds communautaires, future Agence française pour la biodiversité, autant d'évolutions invitant à trouver une nouvelle manière d'intégrer Natura 2000 dans une politique territoriale mobilisatrice pour les régions. Un rapport publié le 12 février avance des scénarios d'amélioration du dispositif.