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... Une question qu’on pose souvent concernant les virus, c’est celle de leur position dans l’arbre du vivant. D’emblée, ça semble une tâche bien ardue puisque la plupart des chercheurs ne sont pas d’accord pour considérer que les virus sont des organismes vivants. C’est une prudence qui peut se comprendre : vu qu’on se casse déjà le cul à tenter de classer le vivant (1, 2 & 3), autant ne pas y rajouter des trucs qui n’ont rien à voir comme des silex, des trombones ou le sécateur de votre voisin.

[Image] Rhizome du Vivant

"... Des gènes de mimivirus se groupent tantôt tout seuls, tantôt chez les eucaryotes, les eubactéries ou les archées. Selon certains, ces résultats montrent que les virus, et les mimivirus en particulier, sont les rois des voleurs de gènes. Le problème c’est que ces vols de gènes, ce qu’on appelle couramment des transferts horizontaux de gènes, laissent des traces qui s’effacent au fur et à mesure de l’évolution. Même si les virus évoluent vite, force est de constater que la plupart de ces transferts sont probablement très très vieux (on trouve des transferts horizontaux récents dans leur génome, mais ils sont facilement reconnaissables).

Alternativement, d’autres chercheurs proposent un autre angle d’approche pour expliquer ce bordel génétique : l’hybridation, et les transferts génétiques. Comme on l’a vu lors de l’interview de Marc-André Sélosse, les transferts de gènes et autres cochoncetés génétiques sont légions entre les 3 domaines du vivant. Du coup, face à la figure classique de l’arbre du vivant, ces chercheurs évoquent maintenant la possibilité de représenter les relations de parenté où les branches peuvent s’anastomoser comme un système de racine, ou comme les bras des cours d’eau près d’un delta : une sorte de rhizome du vivant, pour utiliser l’expression de Didier Raoult qui est le premier à avoir proposé ce scénario…"

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POUR EN SAVOIR PLUS :

→ Et si Darwin s'était trompé... - Le Point
https://www.lepoint.fr/debats/et-si-darwin-s-etait-trompe-12-12-2011-1406407_2.php

C'est l'un des plus grands chercheurs français en microbiologie. Le professeur Didier Raoult dirige l'unité de recherche en maladies infectieuses et tropicales émergentes à la faculté de médecine de Marseille. On lui doit des découvertes fondamentales comme celle des virus géants et peut-être même d'une nouvelle forme de vie. Dans son dernier livre, Dépasser Darwin (Plon), Didier Raoult explique pourquoi le darwinisme, érigé en dogme, est en train de voler en éclats.

Le Point : Vous racontez que, dans leurs laboratoires, les chercheurs en biologie sont en train de révolutionner la vision du monde. Aujourd'hui, Copernic n'a pas l'oeil collé à une lunette astronomique, mais à un microscope électronique ?

Didier Raoult : Quand Copernic puis Galilée affirment que la Terre tourne autour du Soleil, c'est la façon dont nous avons ordonnancé le monde dans nos têtes qui vole en éclats. L'homme n'est plus au sommet de la création, le centre d'un univers immuable. Avec la révolution génomique, nous vivons les débuts de la biologie. On découvre que l'homme est un écosystème à lui tout seul, un monde dans lequel cohabitent des millions de micro-organismes. Cet écosystème ambulant évolue dans d'autres écosystèmes qu'il modifie et qui le modifient. Tous les êtres vivants passent leur temps à s'échanger des gènes. Pas uniquement par la reproduction, mais aussi par les virus et les bactéries. Le monde du vivant est une immense orgie collective. On sait aujourd'hui que 8 % de l'ADN humain est constitué de vestiges de gènes qui nous ont été transmis par des virus.

C'est pourquoi vous dites que l'homme est une "chimère" ?

Pendant longtemps, on a pensé que nous descendions d'un ancêtre commun : le Sapiens. En mai 2010, coup de théâtre : les résultats d'une analyse de l'ADN prélevé sur des os de néandertaliens ont révélé que 1 à 4 % de nos gènes viennent de Neandertal. Que cela nous plaise ou non, nous sommes apparentés à ce lourdaud, et non pas uniquement à Sapiens"l'intello". Les deux se sont rencontrés et métissés. L'arbre généalogique de l'espèce humaine est anti-darwinien parce que notre ancêtre est tout à la fois Sapiens, néandertalien, une bactérie et un virus !

Vous avez récemment affirmé que quatre formes de vie, et non pas trois comme il a toujours été admis, sont apparues il y a plus d'un milliard d'années. De quoi mettre en ébullition les spécialistes de l'évolution !

Le virus géant mimivirus que mon équipe a découvert en 2003, et dont nous avons décrypté le génome, me permet d'émettre l'hypothèse selon laquelle, à côté des trois grandes formes de vie acceptées - bactéries, eucaryotes et Archaea -, il en existerait une quatrième : celle des grands virus à ADN. Mimivirus en fait partie, tout comme trois autres virus dont nous avons aussi révélé l'existence. Ce monde de virus géants constitue un quatrième groupe entièrement parasitaire, distinct des trois autres. Cela suscite un large débat chez les scientifiques. Ce n'est pourtant qu'une étape dans la remise en question nécessaire du classement darwinien du vivant. Les virus en sont aujourd'hui exclus, alors que ce sont les entités biologiques les plus abondantes et la source de plus de la moitié des gènes de l'univers connu !

D'après vous, il faudrait abattre l'"arbre de Darwin" ?

L'arbre darwinien n'existe pas. C'est un fantasme. L'idée du tronc commun avec les espèces qui divergent comme des branches est un non-sens. Un arbre de la vie, pourquoi pas, mais alors planté la tête en bas, les racines en l'air ! Si les espèces s'étaient définitivement séparées il y a des millions d'années, il n'y aurait en fait plus d'espèces vivantes sur la planète. Chacune aurait dégénéré dans son coin faute d'avoir pu suffisamment renouveler son patrimoine génétique. Pour survivre, il faut savoir s'encombrer de gènes inutiles. Ne pas être économe.

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Dans un premier article, nous évoquions les difficultés liées à la formation des enseignants pour une bonne transmission des savoirs relatifs à la théorie de l'évolution. Il existe hélas une autre difficulté de terrain, lié celle-ci aux créationnismes. Le créationnisme d’obédience chrétienne est devenu moins audible, notamment depuis que Jean-Paul II a écrit que « de nouvelles connaissances conduisent à reconnaître dans la théorie de l’évolution plus qu’une hypothèse », suivi en cela par le pape François en 2014 : « l'évolution dans la nature n'est pas incompatible avec la notion de création ». Même si ces positions sont peu clivantes, l’impact de préjugés chrétiens persiste sous des formes plus ou moins visibles, et il est extrêmement difficile à la science de s’en émanciper totalement.

Dans un but affiché d’aide au développement du dialogue entre science et religion, des associations ou fondations soutiennent des scientifiques créationnistes ou développant des points de vue quelque peu marginaux. Ainsi Anne Dambricourt-Malassé a-t-elle vu ses idées anti-darwiniennes diffusées par une autoproclamée « Université Interdisciplinaire de Paris ». De façon plus subtile, mais pour des millions de dollars, la riche fondation Templeton finance des recherches variées, avec un affichage de valeurs morales positives et de dialogue qu’on a du mal à critiquer. Au delà des objections « chrétiennes » au darwinisme, cet ancrage des projets financés par la fondation Templeton dans une moralité positive illustre combien le darwinisme est source d'inconfort pour toute personne qui souhaite naturellement que la vie humaine ait un sens. Ainsi peut-on comprendre le financement des travaux sur l’altruisme de Martin Nowak, aux positions un peu décalées dans ce champ de recherche.

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Par Marc-André Selosse et Bernard Godelle. The Conversation, 09.02.2017